社員食堂精算システム・給与天引きで、手軽に社員食堂を利用–株式会社アジルコア

はい。日本国内で利用されている主要な給与計算ソフトは、一般的に給与天引用のCSV取込（アップロード）に対応しています。食事代や福利厚生費などを「控除項目」としてCSVで取り込む運用は、広く行われています。